在医学上，慢性腹泻有时间上的定义，一般病程在两个月以上的腹泻或间歇期在2-4周内的复发性腹泻称为慢性腹泻。因急性肠胃炎没有处理好造成的慢性腹泻，服用活性菌类药物等调节肠道功能的西药，或者固本益肠片等中成药即可。然而，有些慢性腹泻是疾病的“信号灯”，特别是止泻药效果比较差的患者，单单治疗腹泻却不针对病因解决根本问题，腹泻容易“卷土重来”，所以最好及时到相应的科室就诊，查明病因。
1.糖尿病和甲亢可引起慢性腹泻，到内分泌科查查。糖尿病引起的腹泻多呈顽固性、间歇性，发作时间可为几天至几周，间歇期可为数周至数月，约5%的腹泻病人同时有脂肪泻；而甲亢患者由于肠道蠕动快，消化吸收不良，所以大便一般呈糊状，且含有较多未消化食物。
2.尿毒症早期最容易出现胃肠道症状，比如恶心、呕吐和腹泻等。若出现胃肠道症状的同时，患者口气带有氨味，齿龈也常发炎，最好到肾内科查查。
3.系统性红斑狼疮患者常可存在多系统受累，若受累消化系统，患者可有纳差、恶心呕吐、腹泻腹水等症状。如果早期出现疲乏无力、发热和体重下降，甚至皮肤有蝶形红斑，及时到风湿（免疫）科检查。
4.肝、胆道、胰腺疾病与腹泻关系不浅。其中，以腹泻为首发症状的肝癌并不少见，此外，慢性肝炎、肝硬化、慢性胰腺炎、胰腺癌都有可能引起慢性腹泻。
5.多种胃肠道疾病的直接反应就是慢性腹泻，比如肠癌、炎症性肠病、肠易激综合征、胃癌、萎缩性胃炎、肠结核等等。其中，大肠癌多数发生在中年以后，腹泻的同时常带有血便和里急后重；克隆病多为间歇性发作，以腹痛、腹泻开始，逐渐加重，大便稀或水样，常无脓血；溃疡性结肠炎引起的腹泻常与便秘交替，严重者粪便混有黏液、脓血。由于各种胃肠道疾病之间的相似症状比较多，患者难以清晰识别，最好到消化内科做粪便常规等检查，请专业医生鉴别。
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